Michele Brunelli è titolare del corso di Storia ed Istituzioni dei paesi afro-asiatici e di Gestione dei conflitti e processi di democratizzazione. È Direttore del Master di II Livello in Prevenzione e contrasto alla radicalizzazione, al terrorismo e per le politiche di integrazione e sicurezza internazionale (MaRTe) presso l’Università degli Studi di Bergamo.
Già ricercatore del Gruppo di Studio su Armi e Disarmo (GSAD) e collaboratore del Joint Research Centre on Transnational Crime (TRANSCRIME) dell’Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano, nel 2016 è stato responsabile per il corso di formazione e didattica sui fenomeni del terrorismo di matrice islamica e sui processi di radicalizzazione per i Comandi Provinciali Carabinieri di Bergamo e di Brescia. Responsabile di ricerca di diversi progetti europei, oggi gestisce progetti internazionali in Azerbaijan, Algeria, Burkina Faso e Niger.
Nell’ambito della prevenzione della radicalizzazione e dell’inclusione sociale sta seguendo il Progetto Création de Capacités Institutionnelles d'Intégration des Réfugiés dans l'Enseignement Supérieur (Algeria). In Burkina Faso e in Niger, con la ONG MLAL-Progetto Mondo collabora alla realizzazione di politiche per la prevenzione dell’estremismo violento autoctono e per la promozione della partecipazione della società civile al rinnovamento democratico.
Si occupa di tematiche inerenti la storia, le relazioni internazionali e la geopolitica del Vicino e Medio Oriente, Golfo Persico e Caucaso, con particolare riferimento alla sicurezza, alla stabilità regionale, alla criminalità transnazionale, al terrorismo ed ai conseguenti impatti sulla sicurezza europea e nazionale.